Sua Eminenza Khöndung Asanga Vajra Sakya è figlio di S.E. Khöndung Ani Vajra Sakya Rinpoche – il secondo figlio della famiglia Phuntsok Phodrang – e di Dagmo Chimey Drolkar. È anche il nipote di S.S. Jigdal Dagchen Dorjechang Rinpoche e quindi un diretto discendente del lignaggio ininterrotto di Khön che risale al 1073. 

Asanga Rinpoche è nato il 1° maggio 1999 a Seattle, Washington. Nell’aprile del 2005, all’età di cinque anni, Asanga Vajra Rinpoche ha lasciato Seattle per iniziare la sua nuova vita, per studiare e formarsi come futuro maestro tibetano quale detentore del lignaggio Sakya Khön. Nel monastero di Tharlam, in Nepal, Asanga Rinpoche ha ricevuto una formazione religiosa da selezionati e studiosi monaci tibetani. Nel 2007 ha ricevuto l’insegnamento Lamdre Tsogshay dal nonno paterno, S.S. Dagchen Rinpoche. L’anno successivo, Asanga Rinpoche ha ricevuto l’insegnamento Lamdre Lobshe da suo prozio paterno, S.S. Sakya Trichen. Ha inoltre ricevuto molte altre importantissime iniziazioni, insegnamenti e istruzioni religiose da altri grandi maestri come S.S. il Dalai Lama, S.E. Chogye Trichen, S.E. Appey Rinpoche, S.E. Luding Khenchen e dal nonno materno, S.E. Garje Khamtul Rinpoche, che è un maestro Nyingmapa.